巴氏杀菌机杀菌的原理是在一定温度范围内，温度越低，细菌繁殖越慢;温度越高，繁殖越快。但温度太高，细菌就会死亡。不同的细菌有不同的zui适生长温度和耐热、耐冷能力。巴氏杀菌机其实就是利用病原体不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭。但经巴氏消毒后，仍保留了小部分无害或有益、较耐热的细菌或细菌芽孢。

　　巴氏杀菌机是是将温度控制仪设定好PU值给转化为各温区水槽的实际控制温度的曲线，在通过对于温度的检测的控制各温区的温度的变化。主传动电机带动上下两层的输瓶链网将物料一次的经过三个温区的逐级的升温预热，和两个温区的杀菌以及三个温区的逐级的降温和冷却的过程。

　　巴氏杀菌机主要应用于啤酒、鲜牛奶、罐头、食品等高营养生产的消毒过程。其中啤酒生产中应用的zui成熟。