离心机工作时，转子旋转会非常快，从而产生极大的离心力，因此在旋转过程中适当地平衡转子是至关重要的，特别是当转子装载上样品后的整体平衡。转子的任何不平衡，包括将离心机放置在不平整或倾斜的工作台平面上，都会引起异常的振动，进而损坏转子。

由于离心过程中产生的离心力与样品质量和加速度成正比，因此在高速情况下精确的平衡变得尤为重要。在较高的RCF下，即使是样品质量的轻微变化不同也会导致转子巨大的不平衡。

不管离心机的转子是固定角度还是水平摆动，平衡时要考虑的两个重要因素包括样品量和离心管的对称排列。重要的是要确保所有试管中的样品量相等，并且试管在离心机中直接相对放置（如上图）。如果溶液的密度不一样（如丙酮和水），试管的质量应该相等，而不是体积相等，才能正确平衡。如果是水平摆动转子，则要确保所有槽中的转子摇篮与机器相适应，并且重量相同。