扫描电子镜电子枪的高压不及透射电子显微镜中那样高，一般设定在1-50kv。电子枪的阴极可所以热钨丝型的，但近年来已更多选用阴极，有些电镜上选用场发射枪，乃至肖特基热场发射枪。以热钨丝阴极为例，在前述加快电压下电子发射所构成的光源小的直径。为了包管较好的分辨率，有必要将它们经聚光镜多级减少，在样品外表处构成直径为1-10nm的电子探针。有些作业如电子探针微区成分剖析，需求束流要高，扫描电镜中的聚光体系常由三级电子透镜组成，但它与进射电镜中坐落物样下方的物镜是不一样的。

　　扫描电镜中所提到的二次电子是指背入射电子轰击出来的核外电子。由于原子核和外层价电子间的结合能很小，当原子的核外电子从入射电子获得了大于相应的结合能的能量后，可脱离原子成为自由电子。如果这种散射过程发生在比较接近样品表层处，那些能量大于材料逸出功的自由电子可从样品表面逸出，变成真空中的自由电子，即二次电子。

　　二次电子来自表面5-10nm的区域，能量为0-50eV。它对试样表面状态非常敏感，能有效地显示试样表面的微观形貌。由于它发自试样表层，入射电子还没有被多次反射，因此产生二次电子的面积与入射电子的照射面积没有多大区别，所以二次电子的分辨率较高，一般可达到5-10nm。扫描电镜的分辨率一般就是二次电子分辨率。

　　二次电子产额随原子序数的变化不大，它主要取决与表面形貌。