杀菌，是果汁饮料生产线的一个重要环节。饮料杀菌与医学上和生物学上的杀菌有一定区别。饮料杀菌有两种含义：一是要求杀死饮料中所污染的致病菌、*菌，破坏食品中的酶而使饮料在特定的环境下，如密闭的瓶内、罐内或其他包装容器内，有一定的保存期；二是要求在杀菌过程中尽可能地保护饮料中营养成分和风味。所以，经杀菌后的饮料属于商业无菌。
　　
　　饮料杀菌的方法有物理杀菌和化学杀菌两大类。化学杀菌法是使用过氧化氢、环氧乙烷、次氯酸钠等杀菌剂。由于化学杀菌存在化学残留物等影响，当代食品杀菌方法趋向于物理杀菌法。
　　
　　在湿热杀菌方法中，有巴氏杀菌、高温短时杀菌法和超高温瞬时杀菌法之分。所谓巴士杀菌（pasteurization）是低温长时间杀菌法，杀菌温度低于100℃，保温时间是30min。高温短时杀菌法（HTST），杀菌温度一般在100℃以下，如牛奶的HTST杀菌温度为85℃，保持15s以上。超高温瞬时杀菌法（UHT），杀菌温度在120℃以上，仅保持几秒钟。HTST和UHT杀菌法，不但效率高，而且食品的组织和外观及营养和风味的保存都叫其他杀菌方法好。
　　
　　灌装饮料及瓶装饮料等有包装容器的饮料，处理这类物料的杀菌设备可根据杀菌温度不同可分为常压杀菌设备和加压杀菌设备。常压杀菌设备的杀菌温度为100℃以下，用于PH值小于4.5的饮料产品杀菌。用巴士杀菌原理设计的罐头杀菌设备属于此类。加压杀菌设备一般在密闭的设备内进行，压力大于0.1Mpa，温度常用120℃左右。常压和加压杀菌设备在操作上亦可分为间歇式和连续式。根据杀菌设备所用热源不同又可分为直接蒸汽加热杀菌设备、加水加热杀菌设备、火焰连续杀菌机等。
　　
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