豆制品变质主要是细菌使豆腐中蛋白质分解*的缘故。豆腐变质主要有两方面原因：一是外部杂菌玷污，表现为豆腐表面发黏、有异味，常见于无包装裸露的豆制品中；另一原因是制浆或者包装容器过程中没能把细菌或者芽孢杀死，在适宜细菌生长的环境中繁殖起来导致豆制品变质，常见于有包装的盒装内酯豆腐中。
　　
　　以盒装内酯豆腐为例，为使内酯豆腐凝结而让已加入内酯凝结剂并已封口的豆浆原液浸入高温水槽中停留约20分钟左右，但是并不能保证杀灭盒内的细菌和芽孢。因为槽内水温虽高，但盒装豆腐内部中心并不能立即达到杀菌所需的温度；其次，豆腐停留水槽的时间不短，但是豆腐中心达到杀菌的总时间比浸入总时间要短得多。从盒装豆腐杀菌的温度和时间来看，中心的状况出现要迟于表层，即常规水浴法杀菌不是整体性的，是分层不同时的，常造成杀菌不*。
　　
　　微波杀菌技术可以避免上述缺陷。因为微波能透入豆腐内部转变为热量使豆腐内外表层同时升温加热，于是豆腐内外层同时达到杀菌温度的环境，这种杀菌环境的同时性，即一致性，有利于*杀菌和工艺控制。中国农业大学经多年研究试验，设计出一套操作工艺和设备，已能使盒装内酯豆腐在常温下保鲜3～5天。据实验室试验测试极限数据表明：常温保存15天后，细菌总数50～150个／克，大肠菌群30～90个／100克。具有正常的色香味，不酸、不黏、无霉变。