纳他霉素作为食品防腐剂，应用非常广泛。Bunger等将山梨酸酯防腐剂，纳他霉素和二羟基碳酸盐组成的抗菌混合物处理饮料和其他食品的制作过程，特别是果汁饮料、钙饮料、茶饮料、含牛奶固型物和蛋白质的饮料等，可以有效防止饮料中微生物学生长。 
    在酱油中添加15mg／kg的纳他霉素，可有效抑制酵母菌的生长与繁殖，防止白花的出现，而且纳他霉素使用成本低，对酱油的品质和风味无任何影响。J0hn等研究了把纳他霉素和环糊精形成包含络和物，不仅能极大地增加纳他霉素的水溶性，而不影响它的原始结构和抗菌活性，同时便于将纳他霉素溶液均匀喷雾于奶酪表面。HaanDebenRudof等8J发明了纳他霉素和其他抗菌素制成混合的粉剂，用来处理香肠和干酪等食品。这种方法可以将香肠在12℃下至少保存6O天以上，而不发生霉变。纳他霉素还可以应用干果酱、黄油、桔汁、沙拉酱防霉方面.