瓶盖杀菌的方式主要有以下几种：
　　
　　1、浸泡式:就是把塑料瓶瓶盖浸泡在杀菌水中，使瓶盖整体接受杀菌水的清洗。浸泡时间也要根据杀菌水的强度而定，一般具有强氧化性的杀菌水浸泡时间在10~20秒时间内即可满足瓶盖*杀菌的时间要求。一种方法是：方向一致的饮料瓶盖固定在瓶盖架上，瓶盖架连接在链条上，链条的运动带动瓶盖架进入装有杀菌水的杀菌池内并使瓶盖*浸泡在杀菌水中，饮料瓶盖浸泡时间在10~20秒时间内即可满足瓶盖*杀菌的时间要求。与喷冲杀菌方式一样，杀菌水浸泡后的瓶盖同样需要无菌水的喷洗和无菌空气的喷冲，使液体瓶盖既干燥又无菌
　　
　　2、喷冲式:利用多组喷嘴，进行多个方向喷射杀菌水，从而对饮料瓶盖表面杀菌，对喷射的时间也有一定的要求，要保证微生物能被*杀灭。具体方法为：经过理盖后的饮料瓶盖方向一致地进入瓶盖轨道，在轨道的上下方设有多组喷头，每组喷头可以从不同角度对饮料瓶盖喷射杀菌水，喷射的杀菌水既对瓶盖进行杀菌也推动瓶盖沿着轨道前行。