目前，我国的食品安全管理体系实行分段管理，从农田到餐桌涉及卫生、农业、质量技术监督、工商、商务、*等多部门，存在权力配置不科学、监管组织体系多头抑或空白、各行政主体间或内部协调性差等问题。相关社会中间组织在法律*或者行政机关委托下，也可成为行政主体，其权力与行政机关并没有真正协调。各监管组织以部门利益为中心，进行趋利性的博弈，可获利的监管是多头，无利益的监管则是空白。
　　加强食品安全管理中的政府问责制，建立严密有序的食品安全管理体系，对于监督食品安全管理的各行政部门的不作为行为是一项强有力的保障措施。 
 
    事实上，问责制在世界各国的食品和药品安全管理中已普遍推行。2000年比利时因饲料污染导致畜禽产品中含有二恶英，执政40年的社会党政府内阁因此垮台。2001年德国出现疯牛病后，卫生部长和农业部长引咎辞职。我国在2003年的SARS疫情中出现官员问责制，2004年也有众多官员因失职或履责不力被撤职、查办、处分甚至追究刑事责任。目前，江苏、青岛、湖北等地均实行了食品安全问责制，取得了一定效果。
    北京作为首都，也应建立食品安全问责制，构建责任政府，保证首都食品安全，维护首都形象。
　　——应强化宪法和法律赋予各级人大及其常委会的多项刚性监督手段，如质询权、调查权、罢免权和撤职权，必要时还可以启动不信任投票制，引咎辞职制和弹劾制等。在这个基础上再拓宽和完善其他监督与问责渠道:如政协的民主监督、纪检监察机关问责、公民问责、媒体问责等。
　　——应明确行政主体的职责，将事前事中的全面监督和事后严格问责相结合，预防与惩处并重。
　　——应尽快推动食品安全法的出台，目前尽管有多项法规:食品卫生法、产品质量法、标准化法、农药管理条例、兽药管理条例、动物防疫法、生猪屠宰条例，但缺乏食品安全根本大法，使诸多食品安全问题出现后无章可循、无法可依。
　　——应完善行政程序立法，进一步增强法治程序意识，增强行政信息公开的观念，依照法定的方式、步骤、顺序、期限等方面的行政程序来实施问责，才能真正构建一个责任政府，使我国的“问责制”真正走上制度化的轨道