黄连含小蘖碱（也称黄连素）、黄连碱、药根碱、棕榈碱等多种生物碱，其中小蘖碱是主要成分。黄连或小蘖碱是天然的广谱抗菌药物，对多种杆菌、球菌、真菌、病毒、原虫等都有较强的抑制作用，善治菌痢、腹泻、胃肠炎等症。小蘖碱还能加强白细胞的吞噬功能，有良好的消炎、利胆、扩张血管和降低血压的作用。中医认为黄连性味苦寒无毒，有泻火解毒、清热燥湿、清心除烦、止吐杀虫的功能。广泛用于高热、时行热毒、伤寒、泻痢、蛔虫病、咽喉肿痛、口疮、痈疽、烧烫伤等各种热证、湿热证、寒热错杂的证候和各种血证。